Cuando los romanos ampliaron sus conquistas en el territorio de la Bosnia moderna durante los siglos 2dos y 1ros A.C., la gente que encontraron allí pertenecían principalmente a las tribus de los Ilirios. La mayor parte del área de Bosnia moderna fue incorporada a la provincia romana de Dalmacia. Durante el 4to y 5to siglos A.C. , los ejércitos romanos sufrieron graves derrotas en esta región a manos de los Godos. Cuando los Godos fueron expulsados de los Balcanes por el emperador bizantino justiniano I en el siglo VI temprano, el territorio bosnio se convirtió en, teóricamente por lo menos, parte del imperio bizantino.

Los eslavos se comenzaron a asentar en este territorio durante el siglo VI. Una segunda ola de eslavos en el siglo VII incluyó a dos tribus de gran alcance, a los croatas y a servios; Los croatas cubrieron probablemente la mayor parte de Bosnia central, occidental, y norteña, mientras que los servios extendieron en la rivera del Drina y en la Hercegovina moderna. (Los términos “servio” y “croata” eran, en este período, etiquetas tribales; los utilizaron posteriormente para referirse a los habitantes de entidades políticas servias o croatas y adquirieron solamente más adelante las connotaciones de la identidad étnica o nacional en el sentido moderno.)

Después de la muerte de Tomislav en 928, mucha parte el control de Bosnia fue asumido por un principado servio que reconoció la soberanía del imperio bizantino. La primera mención registrada de Bosnia fue escrita durante este período por el emperador bizantino Constantino VII Porphyrogenitus, que describió “Bosona” como districto de “Serbia bautizada.” El districto al que él se refirió era un área mucho más pequeño que la moderna Bosnia y centrado en el río Bosna. Pronto después de que Constantino escribiera esas palabras, la mayor parte de el territorio moderno de Bosnia volvió al control Croata.

Durante el reinado de Tvrtko I, Bosnia amplió a Sur y adquirió una porción de la costa dálmata. Por un breve período en la última parte del siglo XIV, Bosnia era el estado máspoderoso de los Balcanes occidentales, aunque la Gran Bosnia de las décadas finales de Tvrtko era una excepción: para la mayor parte del período medieval, Bosnia era principalmente un estado sin mar, aislado y protegido por su terreno impenetrable.

Una consecuencia de este aislamiento era el desarrollo de una iglesia bosnia distintiva. Después de la división entre el cristianismo romano y ortodoxo del este, la mayor parte del territorio bosnio (excepto Hercegovina moderna) había sido católico, pero durante el largo periodo del aislamiento de Roma que la iglesia bosnia cayó en el cisma de hecho, eligiendo a sus propios líderes entre de los jefes de las casas monásticas. Una combinación de entrenamiento teológico pobre, de observancias débiles, y de prácticas ortodoxas del este llevó a quejas frecuentes de las áreas vecinas, a principios del 1190 de que la iglesia bosnia estaba infectada de herejía. En 1203 enviaron una comisión papal para investigar estos cargos, y Ban Kulin formó un concilio especial en Bolino Polje (cerca del Zenica moderno), donde los líderes de la iglesia firmaron una declaración en la que emprendían una serie de reformas. La mayoría implicaban la corrección de prácticas religiosas débiles; además, sin embargo, prometieron no abrigar a herejes en sus monasterios. El grado a el cual estas reformas fueron observadas son muy inciertas, puesto que durante el siglo siguiente la iglesia en Bosnia se aisló cada vez más. Las quejas ocasionales del 1280s hacia adelante todavía refirieren “herejes” en Bosnia, y, para el momento en que la orden franciscana comenzara a funcionar allí en 1340, la visión oficial desde Roma era que la iglesia bosnia entera había caído en la herejía, de la cual sus miembros necesitaban ser convertidos.

Desde mitad del siglo 19 , muchos historiadores han sostenido que la iglesia bosnia había adoptado la herejía extrema de los dualistas búlgaros Bogomiles. La evidencia de esta visión vino de las denuncias papales de los bosníacos, que los acusaron a veces de Maniqueistas, la teología del dualismo en la cual se basaba la creencia de Bogomil. Además, las fuentes italianas y dálmatas se refirieron a los bosníacos como “Patarins,” un término usado en Italia para una gama de herejes incluyendo los Cátaros, cuya creencia fue ligada a Bogomilismo. Sin embargo, académicos recientes han sugerido que los autores de esas denuncias tenían poco o nada de conocimiento de la situación dentro de Bosnia y que la confusión pudo haberse causado por la existencia de los herejes genuinos del dualismo en la costa dálmata. Además, la evidencia de la supervivencia de las prácticas religiosas de la iglesia bosnia demuestra que sus miembros aceptaron muchas cosas que Bogomil rechazó ferozmente, por ejemplo la muestra de la cruz, del viejo testamento, de la misa, del uso de los edificios de la iglesia, y de la consumición del vino. La iglesia bosnia se debe así considerar una rama esencialmente no-heretica de la iglesia católica, basada en las casas monásticas en las cuales algunas prácticas ortodoxas del este también fueron observadas. Durante el siglo XIV los franciscanos establecieron una red de monasterios en Bosnia y pasaron más de un siglo intentando convertir a los miembros de la iglesia bosnia al catolicismo corriente.

En 1459 esta campaña fué recibida con el apoyo total del rey bosnio, Stjepan Tomaš, que convocó al clero de la iglesia bosnia y les pidió convertirse al catolicismo o salir del reino. Cuando la mayor parte del clero fué convertido, el apoyo de la iglesia bosnia fué quebrado.

Las décadas finales del estado bosnio medieval fueron batidas por la guerra civil, la interferencia húngara, y la amenaza de la invasión turca. Los ejércitos turcos comenzaron a atacar Serbia en el 1380s El Rey Tvrtko I envió una fuerza grande para luchar contra ellos junto al ejército servio en la batalla de Kosovo Polje en el año siguiente. El sucesor de Tvrtko, rey Ostoja, luchó por la posesión de la corona contra el hijo ilegítimo de Tvrtko, Tvrtko II, que fue apoyado primero por los turcos y entonces por los húngaros después de la muerte de Ostoja. El noble Stefan Vukčić también utilizó alianzas tácticas contra el poder bosnio, estableciendo su propia reinado sobre el territorio del Hum y dándose el títulode herceg (duque), del cual se deriva el nombre Hercegovina.